Le Microbiote : Définition et Tour d'Horizon

(English translation further below!)

Bonjour à tous,

Ravi de vous écrire pour cette toute première newsletter.

« Microbiote ». Certains d’entre vous ont peut-être déjà entendu ce mot ? D’autres jamais. Certains pour qui c’est plutôt clair, d’autres pour qui c’est extrêmement vague.

Je vais essayer de faire une introduction sur ce qu’est le microbiote en regroupant le meilleur contenu que j’ai pu rassembler en ligne. C’est parti :

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Le microbiote regroupe des milliers de milliards des micro-organismes – bactéries, virus, archaea, parasites et champignons non pathogènes – qui vivent dans un environnement spécifique, en symbiose avec l’organisme. Le microbiote intestinal est principalement localisé dans l’intestin grêle et le côlon, abrite environ un millier d’espèces différentes et pèse 1 à 2 kg.

Historiquement appelé « flore intestinale », le microbiote est aujourd’hui considéré comme un organe à part entière et joue un rôle décisif dans notre santé.

« On peut le comparer à une forêt tropicale microscopique, qui abrite de nombreuses espèces de toutes les formes et tailles, et qui forment ensemble ces communautés complexes » décrit Justin Sonnenburg, professeur de microbiologie et d’immunologie à l’école de médecine de l’université de Stanford.

Comment se constitue le microbiote intestinal ?

C’est à la naissance puis pendant les 2 ou 3 premières années de sa vie que la majorité du microbiote se constitue. Un fœtus, tant qu’il est dans le ventre de sa mère, est considéré comme stérile (sujet débattu mais le consensus pour l’instant). Lors de la naissance par voies naturelles, le bébé entre en contact avec les micro-organismes vaginal (accouchement) et intestinal (généralement au contact de selles) de sa mère, qui lui fournit une première grosse dose de micro-organismes qui iront à leur tour se loger chez le nouveau-né. Ensuite, s’il est nourri au sein, il ingèrera un peu de micro-organismes de la peau, et recevra, à travers le lait, certaines bactéries probiotiques (ayant une action bénéfique sur la santé) et prébiotique (ayant une action favorable à la croissance du microbiote).

À l’âge adulte, la composition et le fonctionnement du microbiote sont relativement stables, même si le système se régule en permanence et se rééquilibre en fonction de facteurs extérieurs, tels que l’alimentation ou les traitements antibiotiques.

Quel est le Rôle du Microbiote ?

Le rôle le plus évident du microbiote intestinal est la digestion. Les bactéries intestinales aident à décomposer les fibres alimentaires et les glucides complexes que notre corps ne peut pas digérer seul. Mais attention, ce n’est pas tout… voir la suite !

Un lien entre microbiote et certaines maladies ?

Lorsque le microbiote intestinal est perturbé dans sa composition et/ou son fonctionnement, on parle de dysbiose. Elle peut être due à un traitement antibiotique par exemple. Le retour à l’équilibre est en général assez rapide.

Les recherches ont montré qu’une dysbiose chronique peut en revanche être associée à une pathologie. C’est le cas par exemple lors des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, comme la maladie de Crohn ou la rectocolite hémorragique. Le microbiote des patients renferme moins de bactéries ayant une action anti-inflammatoire, ce qui pourrait amplifier ces pathologies. Même constat avec l’obésité : certains patients présentent un microbiote perturbé, avec une perte de diversité, un excès de micro-organismes délétères et/ou une insuffisance en micro-organismes bénéfiques.

Point très important : on sait qu’il existe un dialogue entre les intestins et le cerveau (!!!). Les chercheurs se sont donc penchés sur les effets du microbiote au cours des pathologies neurologiques. Des études ont suggéré un lien entre dysbiose et sévérité des symptômes dans la maladie de Parkinson, et également entre dysbiose et l’inflammation cérébrale observée dans la maladie d’Alzheimer. De la même manière, des recherches semblent également montrer une influence du microbiote dans de nombreuses maladies neuropsychiatriques comme l’autisme, la schizophrénie, les troubles bipolaires et la dépression chronique.

Des relations ont également été établies entre dysbiose et développement de cancers (gastrique, colorectal et même du sein). Le microbiote intestinal pourrait également impacter la réponse à certains traitements anticancéreux comme l’immunothérapie, les thérapies visant à stimuler le système immunitaire pour qu’il s’attaque aux cellules cancéreuses. Ainsi, certaines espèces bactériennes pourraient intervenir dans le succès de ces traitements. Enfin, des études semblent montrer que des perturbations dans l’établissement du microbiote intestinal après la naissance pourraient influencer la bonne mise en place des réactions immunitaires par la suite lors du développement.

Encore beaucoup d’inconnus

La définition d’« équilibre » intestinal n’est cependant pas la même pour tout le monde et c’est ce qui en fait une des parties les plus complexes du corps humain. Un intestin en bonne santé se caractérise par un microbiote d’une grande diversité, mais il n’existe aucun marqueur universel de santé intestinale, comme le souligne Purna Kashyap, professeur de médecine et de physiologie à la clinique Mayo. « Ce qui est « normal » pour vous ne l’est pas forcément pour quelqu’un d’autre. »

Aussi, pour le moment, il n’est pas toujours possible de déterminer si les déséquilibres du microbiote intestinal sont la cause ou la conséquence des pathologies. Ainsi, les chercheurs souhaitent déterminer ces relations de cause à effet pour toutes les maladies.

En résumé, il y a beaucoup d’axes de recherche, et en voici un échantillon

Pour les maladies déclenchées ou entretenues par une dysbiose, les scientifiques envisagent plusieurs approches thérapeutiques, seules ou combinées :

une alimentation riche et diversifiée en fibres, favorisant le rééquilibrage du microbiote ;
un traitement antibiotique ciblant les bactéries impliquées dans la pathologie ;
l’apport de probiotiques, prébiotiques ou des deux combinés pour un effet synergique afin d’enrichir le microbiote en certains micro-organismes.

Ces approches ont été testées dans diverses maladies, mais pour l’instant il n’y a pas eu de résultat probant. Les chercheurs pensent que ces résultats pourraient être dus en partie à la variabilité des microbiotes selon les patients (cf. ce dont on parlait plus haut).

Essayer de comprendre comment la composition du microbiote influence l’efficacité de certaines thérapies anticancéreuses : l’absence de certains micro-organismes dans leur microbiote pourrait expliquer pourquoi des patients sont non-répondeurs aux traitements. De quoi ouvrir de nouvelles perspectives diagnostiques et thérapeutiques, par exemple en modifiant le microbiote chez les patients qui répondent mal aux traitements.

La transplantation fécale pour améliorer ou rééquilibrer le microbiote (méthode qui a déjà fait ses preuves dans l’infection intestinale sévère récidivante à Clostridium difficile – 90% de succès et prescrite sous certaines conditions en France et au Royaume-Uni)

Autant d’applications qui font du microbiote intestinal, aujourd’hui, un acteur incontournable dans la prise en charge de nombreuses pathologies et une sujet excrément intéressant. 💩😉

Bref, déjà pas mal d’informations et j’en garde pour la suite, mais clairement on voit bien que le microbiote est primordial, étroitement lié à une bonne santé et un vaste champ ouvert à la recherche et aux découvertes.

The Microbiome Project a pour ambition de vous tenir au courant des avancées dans le domaine, au fur et à mesure, en vous trouvant les dernières publications, les analysant et parfois, les traduisant. Ça vaut donc le coup de garder un œil sur nos newsletters et on espère vous revoir bientôt sur notre site !

J’espère que ça vous a plu et à très bientôt pour une prochaine édition !

Robin – The Microbiome Project

N’hésitez pas à nous écrire pour toutes questions ou suggestions.

robin@themicrobiomeproject.org

Je rappelle aussi toujours ici que tout ce qui se trouve dans nos newsletters est issu de ma compréhension et de mon analyse et n’est en rien un avis médical.

The Microbiome: Definition and Overview

Hello everyone,

I’m delighted to write to you for this very first newsletter.

“Microbiome.” Some of you may have heard this word before, while others haven’t. For some, its definition is quite clear, and for others, it’s extremely vague.

I will try to introduce what the microbiome is by gathering the best content I could find online. Let’s go:

What is the Gut Microbiome?

The microbiome consists of trillions of microorganisms – bacteria, viruses, archaea, non-pathogenic parasites, and fungi – that live in a specific environment in symbiosis with the host organism. The gut microbiome is mainly located in the small intestine and colon, hosts about a thousand different species, and weighs between 1 and 2 kg.

Also called “gut flora” or more commonly “gut”, the microbiome is now considered a full-fledged organ and plays a decisive role in our health. “We can compare it to a microscopic tropical forest, home to many species of all shapes and sizes, forming these complex communities together,” describes Justin Sonnenburg, professor of microbiology and immunology at Stanford University School of Medicine.

How is the Gut Microbiome Formed?

The majority of the microbiome is formed at birth and during the first 2 or 3 years of life. A foetus, while in the mother’s womb, is considered sterile (a debated topic, but the current consensus). During natural birth, the baby comes into contact with the mother’s vaginal (birth) and intestinal (usually through contact with feces) microorganisms, providing the newborn with a significant dose of microorganisms that will settle in. Then, if the baby is breastfed, it will ingest some skin microorganisms and receive, through the milk, certain probiotic bacteria (beneficial for health) and prebiotics (favourable for microbiome growth).

In adulthood, the composition and functioning of the microbiome are relatively stable, although the system continuously regulates and rebalances itself based on external factors such as diet or antibiotic treatments.

What is the Role of the Microbiome?

The most obvious role of the gut microbiome is digestion. Intestinal bacteria help break down dietary fibers and complex carbohydrates that our body cannot digest on its own. But that’s not all… stay tuned!

Is There a Link Between the Microbiome and Certain Diseases?

When the gut microbiome is disrupted in its composition, balance and/or function, it is called dysbiosis. It can be caused by antibiotic treatment, for example. Generally, returning to balance is quite quick.

Research has shown that chronic dysbiosis, however, can be associated with pathologies. This is the case, for example, in chronic inflammatory bowel diseases, such as Crohn’s disease or ulcerative colitis. Patients’ microbiomes contain fewer anti-inflammatory bacteria, which could amplify these conditions. The same is true for obesity: some patients have a disrupted microbiome with a loss of diversity, an excess of harmful microorganisms, and/or a deficiency in beneficial microorganisms.

A very important point: we know there is a dialogue between the gut and the brain (!!!). Researchers have therefore looked into the effects of the microbiome on neurological diseases. Studies have suggested a link between dysbiosis and the severity of symptoms in Parkinson’s disease and also between dysbiosis and brain inflammation observed in Alzheimer’s disease. Research also seems to show an influence of the microbiome on many neuropsychiatric diseases such as autism, schizophrenia, bipolar disorder, and chronic depression.

Links have also been established between dysbiosis and the development of cancers (gastric, colorectal, and even breast cancer). The gut microbiome could also impact the response to certain anticancer treatments such as immunotherapy, therapies aimed at stimulating the immune system to attack cancer cells. Thus, certain bacterial species could intervene in the success of these treatments. Finally, studies seem to show that disturbances in the establishment of the gut microbiome after birth could influence the proper development of immune responses later in life.

Still Many Unknowns

The definition of “intestinal balance” is not the same for everyone, making it one of the most complex parts of the human body. A healthy gut is characterized by a highly diverse microbiome, but there is no universal marker of intestinal health, as noted by Purna Kashyap, professor of medicine and physiology at the Mayo Clinic. “What is ‘normal’ for you is not necessarily normal for someone else.”

Also, for now, it is not always possible to determine whether imbalances in the gut microbiome are the cause or the consequence of pathologies. Researchers therefore aim to establish these cause-and-effect relationships for all diseases.

In summary, there are many research avenues, and here’s a sample:

For diseases triggered or maintained by dysbiosis, scientists are considering several therapeutic approaches, alone or combined:

A diet rich and diverse in fibers, promoting the rebalancing of the microbiome.
Antibiotic treatment targeting bacteria involved in the pathology.
The intake of probiotics, prebiotics, or a combination of both for a synergistic effect to enrich the microbiome with certain microorganisms.

These approaches have been tested in various diseases, but so far, there have been no conclusive results. Researchers believe these results could partly be due to the variability of microbiomes among patients (cf. what we discussed earlier).

Trying to understand how the composition of the microbiome influences the effectiveness of certain anticancer therapies: the absence of certain microorganisms in their microbiome could explain why some patients do not respond to treatments. This opens up new diagnostic and therapeutic perspectives, for example, by modifying the microbiome in patients who respond poorly to treatments.

Fecal transplantation to improve or rebalance the microbiome (a method already proven effective in recurrent severe intestinal infection with Clostridium difficile – 90% success and prescribed under certain conditions in France and the UK).

All these applications make the gut microbiome an essential player today in managing many pathologies and a highly interesting subject. 💩😉

So, already a lot of information in there, and I’ll save some for later, but it’s clear that the microbiome is crucial, closely linked to good health, and a vast field open to research and discoveries.

The Microbiome Project aims to keep you informed about advances in the field, as they happen, by finding the latest publications, analysing them, and sometimes translating them. So it’s worth keeping an eye on our newsletters, and we hope to see you soon on our site!

I hope you enjoyed this, and see you soon for the next edition!